- 誠信經營與利益衝突防範
本院所屬法人訂有「誠信經營規範」，並適用於本院，要求本院人員於從事業務過程中，不得要求、期約或收受任何不正當利益，或有違反誠信、不法或違背受託義務等不誠信行為，違反者則可依工作規則進行懲處；若涉及相關刑責者，則交由司法機關調查處置。本院於近4年無因貪腐違規行為與第三人終止合約或未續約之情事。
為維護組織運作之公平性與專業性，本院訂有明確之利益迴避機制。於人員任用方面，各級主管不得任用配偶及三親等以內之血親或姻親於同一科、室或病房；如同仁於任職期間結婚而產生此類情況，須於登記前簽報院方，並優先考量單位調整。若因業務需求需例外任用，亦須經醫療法人主管專案核定。此外，同仁如擬擔任院外營利機構之負責人或相關職務，應於3個月前提出申請，經核定及簽署切結書後始得任職。相關兼職不得影響院內職責之執行，亦不得損害本院權益，若違反相關規定，醫院保有撤銷核准並要求辭職之權利，以確保機構治理之廉潔與誠信。
- 法規遵循
本院視法規遵循與誠信經營為永續發展的根本，院長室設有法務人員持續掌握醫療、環境、勞動等相關法令異動，定期彙整公告並追蹤對院務的影響，確保各項制度符合法規並強化營運穩健性。本院2025年未有違反環保、消防、衛生、建築、勞工等相關法令之重大違規事件。惟2024年度另有一件非重大違規事件，已完成罰金繳納，金額為新台幣8萬元整；2025年度則無違反法規遭裁處罰款之情事。
註：本院重大違規事件定義參考金融監督管理委員會處理違反金融法令重大裁罰措施之對外公布說明辦法，重大裁罰案件定義為新台幣100萬元以上。
- 內部控制稽核制度
佛教慈濟醫療財團法人「稽核室」每年進行醫院稽核作業，醫院依稽核結果進行檢討改善，以確保醫院之管理風險機制完善。
台北慈濟醫院內控委員會於2018年成立，成員包含院部主管、醫療與行政單位代表共15人，負責規劃、執行與檢視院內內控政策。內控目標涵蓋營運效能、資產安全、財務與非財務資訊之正確性，以及符合法規之合規性。針對潛在風險，委員會依據策略目標、醫療趨勢與同業經驗進行風險評估，運用「影響程度」、「發生機率」與「準備就緒度」進行量化評分，以篩選出高風險項目作為年度查核重點。
稽核作業涵蓋計畫擬定、資料準備、現場執行、報告撰寫與後續追蹤改善，並須經董事會與內控委員會審核。除年度內部查核外，內控委員亦針對重大風險進行專案查核，提供改善建議並監督執行成效。此外，醫院亦設有「封櫃稽核」機制，每年不定期查核各收費單位之現金與交易紀錄，以強化財務透明度並降低舞弊風險。各部門主管則負責日常監督工作，確保各項營運活動均符合同步推動的內控政策與倫理準則。2025年，已透過內部稽核與內部控制制度完成100%貪腐風險評估，評估結果無高風險項，2025年未發生貪腐相關案件。
