第 1 條
本準則依人體器官移植條例第四條第二項規定訂定之。
第 2 條
腦死判定，應於具有下列設施之醫院為之：
一、設有加護病房。
二、具診斷結構性腦病變儀器設備。
三、具人工呼吸器及測定血液氣體等腦死判定所需之設備。
第 3 條
進行腦死判定，病人應符合下列各款之先決條件，始得為之：
一、陷入昏迷指數為五或小於五之深度昏迷，且須依賴人工呼吸器維持呼吸。
二、昏迷原因已經確定。但因新陳代謝障礙、藥物中毒影響未消除前或體溫低於攝氏三十五度所致之可逆性昏迷，不得進行。
三、遭受無法復原之腦部結構損壞。
第 4 條
腦死判定，應進行二次程序完全相同之判定性腦幹功能測試。
第二次判定性腦幹功能測試，應於第一次測試完畢接回人工呼吸器至少四小時後，始得為之。但滿一歲以上未滿三歲者，應至少十二小時後；足月出生（滿三十七週孕期）未滿一歲者，應至少二十四小時後。
第 5 條
進行判定性腦幹功能測試之前，應經觀察，其觀察期間如下：
一、罹病原因為情況明顯之原發性腦部損壞者，應觀察十二小時。
二、罹病原因為腦部受損且有藥物中毒之可能性者，應逾藥物之半衰期後，再觀察十二小時。
三、藥物種類不明者，至少應觀察七十二小時。
使用人工呼吸器者，於前項觀察期間內，應持續呈現深度昏迷至觀察期間屆滿昏迷指數仍為三，且無自發性運動、去皮質或去大腦之異常身體姿勢及癲癇性抽搐，始得進行判定性腦幹功能測試。
第 6 條
判定性腦幹功能測試，應依序進行腦幹反射測試及無自行呼吸測試。
因頭部外傷致臉部重創、頭圍太小等特殊情況，致無法完成或不能確定前項測試結果者，應進行其他測試，或必要時佐以儀器進行輔助測試，並於第十三條第二項之附表三，載明其理由及測試方式。
第 7 條
腦幹反射測試符合下列各款情形者，始得判定為腦幹反射消失：
一、頭－眼反射消失。
二、瞳孔對光反射消失。
三、眼角膜反射消失。
四、前庭－動眼反射消失。
五、對身體任何部位之疼痛刺激，在顱神經分布範圍內，未引起運動反應。
六、插入導管刺激支氣管時，未引起作嘔或咳嗽反射。
第 8 條
經前條測試確認腦幹反射消失後，依下列步驟進行無自行呼吸之測試：
一、由人工呼吸器供應百分之百氧氣十分鐘，再給予百分之九十五氧氣加百分之五二氧化碳五分鐘，使動脈血中二氧化碳分壓達到四十毫米汞柱以上。
二、卸除人工呼吸器，並由氣管內管供應百分之百氧氣每分鐘六公升。
三、觀察十分鐘後，動脈血中二氧化碳分壓須達六十毫米汞柱以上，並檢視是否能自行呼吸。
四、確定不能自行呼吸後，即將人工呼吸器接回。
第 9 條
經依前二條規定，完成連續二次判定性腦幹功能測試，均符合腦幹反射消失及無自行呼吸者，即可判定為腦死。
第 10 條
進行腦死判定之醫師，應符合下列各款之一之條件：
一、病人為足月出生（滿三十七週孕期）未滿三歲者：具腦死判定資格之兒科專科醫師。
二、前款以外之病人：
（一）神經科或神經外科專科醫師。
（二）具腦死判定資格之麻醉科、內科、外科、急診醫學科或兒科專科醫師。
前項所稱腦死判定資格，係指完成腦死判定訓練課程，並取得證書者。
本準則修正前，已領有台灣小兒神經醫學會所發仍於有效期限內之小兒神經學專科醫師證書者，具腦死判定之資格。
第 11 條
下列機構或團體，得辦理腦死判定訓練課程：
一、具有神經科、神經外科或兒科專科醫師訓練資格之醫療機構。
二、神經科、神經外科或兒科相關之醫學會或學會。
腦死判定訓練課程應包括課程教育、考試及實務訓練。
課程教育應至少授課八小時，內容應包括下列項目：
一、腦死觀念之發展。
二、腦幹之功能性解剖及腦死之病理生理機轉。
三、腦死判定之先決條件及排除條件。
四、腦幹反射測試及無自行呼吸測試。
五、小兒腦死判定。
六、腦死相關法令。
七、腦死醫學倫理層面之探討。
八、腦死判定可能遭遇之問題。
完成訓練課程合格之醫師，由辦理訓練之機構或團體發給證書，並將名單報中央主管機關備查。
第 12 條
腦死判定，應由具判定資格之醫師二人共同為之；其中一人宜為富有經驗之資深醫師。
醫師進行腦死判定時，原診治醫師應提供病人之資訊及瞭解腦死判定結果。
第 13 條
原診治醫師應填寫使用呼吸器昏迷病人腦死判定會診單（如附表一）及使用呼吸器昏迷病人腦死判定檢查表（如附表二）。
進行腦死判定之醫師應共同簽署腦死判定檢視表（如附表三），並由原診治醫師據以出具死亡證明書。
第 14 條
本準則自發布日施行。