台北慈濟醫院藥學部臨床試驗藥局提供院內臨床試驗藥品管理服務。具有獨立藥品儲存空間，可提供室溫、冷藏、冷凍等試驗藥品儲存使用。試驗藥局具有門禁系統，可保存進出試驗藥局人員時間紀錄，所有試驗藥品儲藏皆以專櫃上鎖存放。備有環境溫濕度及冷藏、冷凍24小時連續溫度監控系統，提供連續溫濕度紀錄及溫濕度異常警報。

臨床試驗藥局設置於藥學部藥品資訊股下，共有六名藥師參與臨床試驗藥品調劑發藥業務，其中包括兩位試驗藥局專責藥師，協調管理申請、進退藥等工作，另可協調化療調配藥師、無菌製劑調配藥師共同參予試驗藥品調配工作。